El Lajuvi desarrolla investigación básica y aplicada orientada a problemáticas prioritarias: violencias estructurales, acceso a la justicia, derechos lingüísticos, justicias indígenas, racismos y antirracismos, desaparición, movilidad forzada y memoria colectiva. Mediante metodologías colaborativas e interculturales, se promueve la co-producción de conocimiento con comunidades y colectivos, contribuyendo a transformar desigualdades históricas vinculadas al racismo estructural, la exclusión y las inequidades de género. Se pone especial énfasis en colaborar con pueblos originarios, comunidades afromexicanas, y poblaciones víctimas de graves violaciones a sus derechos humanos.